茜素红染色 茜素红染料与碳酸钙或磷酸钙中的钙盐螯合形成橙红色复合物。主要是证明组织中钙盐的存在。病理性钙化是相当常见的一种病理变化，例如结核干酪样坏死灶的钙化，主动脉粥样硬化时病变动脉壁的钙化，死的寄生虫卵和其他异物钙化，灶性脂肪坏死的钙化等。

尼罗红染色（植物） 尼罗红是一种亲脂性的荧光染料，通过与脂类物质（腊酯、三酰甘油以及各种脂肪酸）结合后发出荧光检测信号，快速、敏感、地检测出细胞内的脂类成分，在荧光显微镜（或共聚焦显微镜）下呈现桔红色或者红色。

植物硬组织切片番红固绿染色 硬组织切片针对未经软化的硬组织，能很好地保留木质部结构和成分。番红固绿染色能显示植物木质部，其中韧皮部形成层等组织结构呈绿色，木质化木栓化的结构呈红色。

植物硬组织切片甲蓝染色 硬组织切片针对未经软化的硬组织，能很好地保留木质部结构和成分。甲蓝（Toluidine Blue O）是一种多色碱性染料，可使植物组织和细胞的不同成分染成不同的颜色。木质化部分呈蓝绿色，韧皮部呈蓝紫色，其他部分呈浅的蓝绿色。

番红-固绿染色（植物） 植物番红固绿染色，石蜡切片技术里用观察植物组织的形态结构。韧皮部形成层芽尖根尖分生去等新生组织结构呈绿色，木质化木酸化的结构呈红色（软化后的木质化结构成分流失，结果呈绿色）。

蓝染色 用于鉴别真菌，真菌的等电点较低，在液体环境中一般带负电荷，对于碱性染料有吸附作用，而蓝是一种碱性染料，可以和带负电荷的真菌结合，使真菌着色。